L’Ente fu costituito il 14 settembre 1861, primo Anniversario della Liberazione di Perugia e in pieno clima culturale risorgimentale, da una associazione di cittadini filantropi sostenuti dal Sodalizio di San Martino, dal Regio Commissario Generale dell’Umbria Giacchino Pepoli, dal Gonfaloniere
Nicola Danzetta e dal Sindaco Conte Reginaldo Ansidei.
L’Ente fu costituito come primo asilo pubblico della città sul modello Aporti per offrire assistenza ed educazione ai bambini poveri e fu eretto a Ente Morale con regio decreto 12 agosto 1877 e riconosciuto come Opera Pia con legge del 17 luglio 1890.
Il Santa Croce era abitualmente frequentato da letterati, pedagogisti, regnanti, rappresentanti politici ed ecclesiastici, tra cui Vittorio Emanuele di Savoia e la Regina Margherita, le poetesse Alinda Bonacci Brunamonti e Vittoria Aganoor Pompilj e la celebre pedagogista Maria Montessori.
Nel 1909 divenne scuola di metodo Montessori sotto la supervisione dell’insigne pedagogista. Da allora, come emerge dall’ archivio storico dell’ Ente, la scuola non ha mai interrotto la sua attività educativa risultando la scuola di metodo più longeva al mondo.
Nel 1950 divenne sede di formazione insegnanti con la realizzazione dell’aula di osservazione realizzata da Maria Montessori.
